وأثناء فترة اعتقاله دعا الإمام المطهر بن يحيى بن المرتضى المظلل بالغمام لنفسه، وذلك سنة ٦٧٦ هـ وكان الإمام يحيى بن حمزة ذا صحبة له حتى توفي المطهر سنة ٦٩٧ هـ، وكان قد شارك معه الإمام يحيى بن حمزة في قتاله ضد القرامطة سنة ٦٨٩ هـ، واستمر يقاتلهم قبل دعوته وبعدها، ثم دعا الإمام محمد بن المطهر لنفسه سنة ٧٠١ هـ وامتد نفوذه إلى عدن، ولما توفي سنة ٧٢٨ هـ قام الإمام يحيى بن حمزة ٢ سنة ٧٢٩ هـ، ولقيت دعوته ترحيباً من العلماء، وكان العلامة محمد بن سليمان بن أبي الرجال من المتفاعلين معها كثيراً.

  وقد أقام بحصن هران شمال منطقة ذمار، واستقر به وظل يكاتب الملوك والأمراء لإقامة شرع الله وإقامة حدوده.