وفي سنة تسع وستين ومائتين وألف، عزم مولانا السيد إسماعيل على التوجه إلى وطنه فتوجه في شهر رجب من السنة المذكورة ووصل إلى مصر من طريق الشام وترك في مصر ولده مولانا السيد جعفر لقراءة العلم بالجامع الأزهر، فأخذ عن كثير من علمائها المشهورين، وتوجه والده إلى دار السلطنة العلية، وامتدح مولانا السلطان عبد المجيد بقصيدة سنية، فقلده منصب إفتاء الشافعية بالمدينة المنورة على ساكنها أفضل الصلاة والتحية، ثم رجع مولانا السيد إسماعيل إلى مصر وارتحل بأهله إلى المدينة المنورة، ودخلها في أوائل سنة إحدى وسبعين ومائتين وألف، وجاء تاريخ عوده بيت شعر للفضل الشيخ عبد الجليل أفندي براده من قصيدة غراء مدح بها مولانا السيد إسماعيل المذكور مطلعها:

  الدهر أقبل بالمسرة يسعد ... ولنا بإنجاح المطالب ينجد

  رجب و قبل بيت التاريخ بيت ممهد لبيت التاريخ ونظمها هكذا:

  ولطيبة مذ عدت قلت مؤرخاً ... في بيت شعر بالمحاسن يفرد

  قد عاد جاراً للرسول محمد ... نجل نا والعود منه أحمد

  سنة ١٢٧٧

  ثم بعد مدة نزل من منصب فتوى الشافيعة لنجله الفاضل مولانا السيد جعفر فتقلدها سنة ألف ومائتين وثمان وسبعين قبل وفاة والده بنحو ثمانية أشهر، وجاءه التأييد من دار السلطنة العلية وهو مستمر بها إلى هذا الوقت.